Институт гидрогеологии и гидрофизики был организован Постановлением Совмина Каз ССР в 1965 году на базе Отдела гидрогеологии и инженерной геологии Института геологических наук им. К.И.Сатпаева и Отдела гидрогеологии и гидротермии КазИМСа  Госгеолкома СССР. В 1985г. Институту присвоено имя У.М. Ахмедсафина – академика АН КазССР, Героя Социалистического Труда, первого директора.

У истоков Института, основателями гидрогеологии Казахстана стояли выдающиеся ученые: Ахмедсафин У.М., Сыдыков Ж.С., Мухамеджанов С.М, Шапиро С.М.,  Жеваго В.С., Жапарханов С.Ж.,  Давлетгалиева К.М., Шлыгина В.Ф., Джабасов М.Х., Курмангалиев Р.М., Муртазин Ж.В., Иванов В.Н. и многие другие.

Институт, является единственной организацией Республики Казахстан в области разработки фундаментальных и прикладных проблем гидрогеологии, геоэкологии и рационального использования водных ресурсов недр Республики Казахстан. За 40-летнюю историю своей разносторонней деятельности в содружестве с геологическими организациями, Институт создал первую в Казахстане научную школу аридной гидрогеологии, имеющую большое научно-практическое, экономическое и социальное значение для страны. Необходимо отметить, что результаты теоретических и методических разработок ученых Института стали достоянием широкой научной общественности. Основные научные положения этих разработок были доложены на многих международных научных симпозиумах, съездах и конференциях (США, Россия, Китай, Англия, Израиль, Иран, Исландия, Бразилия, Украина, Казахстан и др.). Они  легли в основу ряда  правительственных решений, направленных на улучшение водообеспеченности отдельных регионов страны. Данные прогнозных оценок подземных вод использованы при разработке долгосрочных программ производственных гидрогеологических исследований, а также проектов по поискам и разведке запасов подземных вод.

Основным предметом деятельности Института является осуществление научной, инновационной, научно-технической, производственно-хозяйственной деятельности в области установления закономерностей формирования и размещения различных типов подземных вод и выявление их запасов, разработка новых методов их оценки, гидрогеологической стратификации и картирования, прогнозирования техногенных гидрогеологических процессов с использованием современных методов изучения химического состава подземных вод, а также моделирования и новейших компьютерных и ГИС технологий, с 2013 года ведутся работы по эффективному использованию альтернативных и возобновляемых источников энергии, «зеленым» технологиям. Повышение квалификации и переподготовка кадров посредством организации стажировок научных работников, курсов по подготовке, переподготовке и повышению квалификации сотрудников, является одним из важных приоритетов Института. Совместно с Казахским национальным техническим университетом имени К.И.Сатпаева проводит подготовку магистрантов и докторов философии.

Цель — развитие фундаментальной и прикладной  гидрогеологической и геоэкологической науки в Республике Казахстан до мирового уровня, научное обоснование эффективного и комплексного использования и охраны подземных водных ресурсов  Казахстана как одной из основ устойчивого развития производственно-территориальных и природных комплексов в рамках стратегических приоритетов вхождения Казахстана в число 30 наиболее конкурентоспособных стран мира

В Институте работает 80 сотрудника, в том числе 6 докторов, 2 академика НАН РК, 1 академик КазНАЕН, 1 член-корреспондент НАН РК, 1 член-корреспондент КазНАЕН РК, 1 член-корреспондент Академии Минеральных ресурсов РК, 1 член-корреспондент международной инженерной академии и 12 кандидата наук, также в Институте работают инженера высшей категории.

В составе Института функционирует 7 лабораторий и 1 сектор ГИС-технологий, оснащенный современным оборудованием и программными комплексами.

  1.  Лаборатория промышленных и геотермальных вод;
  2. Лаборатория техногенной гидрогеологии;
  3. Лаборатория региональной гидрогеологии и геоэкологии;
  4. Лаборатория моделирования гидродинамических и геоэкологических процессов;
  5. Лаборатория химико-аналитических исследований;
  6. Лаборатория ресурсов подземных вод;
  7. Лаборатория прикладных гидрогеологических исследований.

В Институте функционирует лаборатория  химико-аналитических исследований имеет обновленный Аттестат аккредитации от 24 августа 2012 года, с расширением области аккредитации на соответствие требованиям СТ РК ИСО/МЭК 17025-2007 «Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных лабораторий». Лаборатория, оснащенная современным оборудованием, внесена в перечень аккредитованных испытательных лабораторий (центров) Республики Казахстан, включенных в Единый реестр органов по сертификации и испытательных лабораторий (центров) таможенного союза

В 2013 году в Институте внедрена Система менеджмента качества в соответствии
со стандартом СТ РК ИСО 9001 и международных стандартов научной и производственной деятельности, были получены сертификаты соответствия: СТ РК ИСО 9001, СТ РК OHSAS 18001, СТ РК ИСО 14001.

  • Награды
  • Золотая медаль «За высокое качество в деловой практике» Международного фонда «За высокое качество в деловой практике» (Женева, Швейцария) (2004 г.)
  • Благодарность за выдающиеся заслуги в области гидрогеологических исследований Национальной комиссии ЮНЕСКО ИСЕКО в Республике Казахстан (2006 г.)
  • Серебряная медаль за инновационный проект «Разработка технологической схемы каскадного использования водно-энергетического потенциала Жаркентского месторождения геотермальных вод» (Экспо-2010, Шанхай)
  • За выдающиеся научные достижения академик НАН РК Сыдыков Ж.С. Награжден Президиумом Национальной Академии наук Республики Казахстан Большой Золотой медалью, 2011 г.
  • Директор Института Абсаметов М.К. награждался почетными грамотами Министерства образования и науки, нагрудными знаками «За заслуги в развитии науки Республики Казахстан», «Отличник разведки недр», «Почетный работник образования Республики Казахстан», грамотами и наградами университета, нагрудным знаком медалью «Еңбек даңқы» Министерства индустрии и новых технологий, орденом «За заслуги в науке о металлах» и др. Избран академиком Казахской Национальной Академии естественных наук (КазНАЕН).