В составе Института работает 77 сотрудников, в том числе 2 академика, 6 докторов наук, 14 кандидатов наук.

Структура Института – соответствует выполняемым темам ПФИ МОН РК и состоит из административно-хозяйственного подразделения и семи лабораторий.

Лаборатория моделирования гидродинамических и геоэкологических процессов
Лаборатория техногенной гидрогеологии
Лаборатория региональной гидрогеологии и геоэкологии
Лаборатория ресурсов подземных вод
Лаборатория термоаномальной гидрогеологии
Лаборатория прикладных гидрогеологических исследований
Лаборатория химико-аналитических исследований